Yo para sacar el ac3 de un video utilizo el nandub o bien el virtualdub con soporte ac3. Solo tienes que darle a Save wav, recordando que lo que te guarda es un ac3. Luego lo abres con el BeSweetv y le indicas donde estan los archivos y a que quieres convertirlo. Y en un ratito ya tienes la conversion hecha. Espero que esto te sirva de ayuda.
PD: Todo esto es de memoria, pero creo no haberme equivocado, por si acaso no modifiques el original.