Encuanto a la temperatura de la caja, es normal que la placa marque mas que una sonda, porque el sensor de la placa esta pegado a la placa, y siempre te va ha dar una medicion de temperatura mas alta que la real ( porque la placa esta mas caliente que el aire que la rodea).

Encuanto a la sonda que le has puesto en el micro, hay una sencilla manera de comprobar si esta sonda esta bien puesta o no. La manera es observar la velocidad con la que aumenta la temperatura que marca la sonda cuando el micro pasa de no trabajar a trabajar. Lo normal si la sonda esta bien puesta es que esta temp suba 2, 3 o 4 grados en los primeros 5 segundos depues de que el micro se ponga a trabajar a tope. Si la temperatura aumenta despacio en vez de hacerlo rapidamente, querra decir que la sonda no esta bien puesta y esta tocando el disipador o el bloque, y dando una medida erronea.

Esta prueba la puedes hacer con el cpu burn, o el prime, por ejemplo. Es facil, sencillo y te sacara de dudas.