Gracias por responder. He conseguido fusionar los colores arrastrando los canales R, G y B por separado. El problema de este metodo es que las dos fotos tienen que estar exactamente centradas ya que no soy capaz de mover los canales para alinearlos con la foto de alta resolucion, pero eso es cuestion de ajustarla antes de meterle los canales de la otra imagen.

No tengo el photoshop ahora mismo, pero yo creo que intentaría hacer dos capas, una con cada foto y tratar de fundirlas usando las opciones de capa. Intenta igualar el tamaño de las dos fotos, aunque para agrandar la pequeña tendrás que interpolar y seguramente te deje mucho grano…

Mirate este tutorial a ver si te sirve para encontrar alguna idea, no es exactamente de lo que tu querías, pero a ver si te vale de algo.

Ya nos contarás que tal queda.

Suerte!