No. Esa opción sirve para que te muestre (o no) la ventanita emergente cuando ocurra el suceso que elijas (algún contacto inicie sesión, te envíen un mensaje o un email). Pero el botón de la barra de tareas aparecerá igualmente y parpadeará unas cuantas veces, hasta que le "hagas caso" (no en vano, lo que hace es llamarte la atención, y es lo que debe hacer).

Para hacer lo que pides, se me ocurre que puedes utilizar las PowerToys de Microsoft. Son un conjunto de utilidades que permiten ajustar aspectos ocultos del sistema que no aparece en Panel de control. Vamos, que tendrías que hacerlo por el Editor dle Registro. Esta utilidad te permite modificarlo con un intuitivo entorno gráfico.

Uno de esos aspectos, que será el que te interese a ti, es el número de veces que parpadeará un botón de la barra de tareas, hasta que le prestes atención. Esta utilidad te permitirá hacer que parpadee un número fijo de veces o que se quede parpadeando hasta que pinches sobre el botón. Sólo he visto un problema: no puedes fijar este valor a 0. Como mínimo, te deja ponerlo a 1, pero supongo que es mejor que tener los botones todo el rato iluminándose.

Te adjunto el programa comprimido en este post. Eso sí, has de tener en cuenta que esto afectará a TODAS las ventanas que abras, no sólo las del Messenger. Si no te importa esto, adelante.

Saludetes
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Creo que puedes hacerlo si te vas a "Herramientas" -> "Opciones" -> "Alertas y sonidos" -> Desmarca la casilla "Mostrar avisos cuando reciba un mensaje"

Saludos