Tocar ese valor es parecido a tocar el fsb del micro/memorias, lo que consigues hablando en plan basico, es aumentar la velocidad con la que se transmiten los datos entre la grafica y la placa. Normalmente no se usa como bien te ha dicho xrayboy por que " de casa " no se llega a ocupar todo el ancho de banda del pcie. Asi que notaras mucha mas mejora haciendole overclock a la grafica por software ( rivaturner ) que por el ajuste pcie frecuency de la bios. Saludosssss.

Puedes hacer OC a la gráfica sin tocar ese valor.(subir GPU clock y memorias)
Tienes mas riesgo de chamuscar la gráfica que de obtener rendimiento adicional.

Antes,subiendo el FSB de las placas,subia el PCIE automáticamente.
Actualmente,en las placas nuevas este valor viene fijo y ya no sube correlativo con el FSB.

Antes era la manera de subir el GPU clock y las memos de la gráfica,pero hoy hay programas específicos
para ese menester(Rivatunner),ergo el subir el PCIE desde la bios ha caído un tanto en desuso.

Como digo,es una opción un tanto arriesgada,que normalmente ya no se usa para OC.

Salu2