Bueno, pues finalmente encontré el problema al llegar a casa. Se trataba de un conflicto de firma digital de los discos duros, entre los dos Western Digital MyBook. Al acceder al gestor de dispositivos vi que lo reconocía pero que estaba como deshabilitado por ese motivo, y haciendo una rápida búsqueda parece ser algo habitual en Windows 7.
Colisión de firmas: Problema con discos duros en Windows 7
En cualquier caso, esa última opción que comentas del panel trasero ya la estuve contemplando ayer. Te refieres a esto: DeLOCK USB 3.0 19-pin - 2 x USB 3.0-A. También los vi con conexión PCI Express en lugar de 19 pines al F_USB30, pero no sé si hay diferencia en la velocidad de transferencia entre ambas conexiones: Sharkoon USB3.0 Host Controller Card PCI Express - Tarjeta PCI Express. Sobre todo, porque ya que tengo que hacer un pedido, no tener que pagar gastos de envío en dos sitios.
Edito: Bueno, después de investigar un poco, la respuesta sí. El ancho de banda del PCI-E 1x es muy inferior al del USB 3.0 aunque algo superior al del USB 2.0, así que me reservaré esta expansión a buscarla en alguna tienda física.