En efecto es una reflexión válida; basicamente hay una razón por la que opté por FAT32 para el caso en particular por el cual pregunto:
El dueño del equipo es una de esas personas que no entiende (y creo que no quiere entender) acerca de seguridad informática básica, y cada nada se la pasa con el computador infectado:nono: Puede que en teoría una partición NTFS sea mas segura, pero lo que si es seguro, es que una FAT32 es mas reparable (que es la parte que a mi me toca).
Median otros motivos pero el comentado es sin duda el principal.