amigo lo que hace el decodificador externo como su nombre indica es decodificar la señal del spdif coaxial, no separa los canales simplemente, realiza un proceso. Asi que si te fias mas del decoder externo usalo pero si no mejor conecta las salidadas analogicas
yo lo tengo asi ya que mi ampli no tiene entrada coaxial pero aun asi me suena bien con las salidas analogicas, si tu decoder es bueno la mejor opcion es usarlo.
acerca de si puedes escuchar el dts u dd para eso solo necesitas bajarte un programa compatible y ya esta.