¿Y con qué las has particionado? Con la información que das, casi estoy por decirte que utilices un disquete de inicio del W98, aunque no te detecte toda la capacidad del disco duro, y el resto lo particionas desde windows. Ya te digo que voy casia tientas. En cualquier caso, aquí casi seguro que dan con el problema.

pon la mas exigente en la primaria, y la menos en la secundaria, es lo que mas sentido le veo.. yo hago algo parecido con el audio, tengo unos cascos 5.1 conectados a la salida 7.1 de la placa y unos altavoces 5.1 a la live!, pero claro, es completamente distinto el audio de la grafica…

"…Entonces me aconsejas que me ponga el linux ubuntu en una particion para probar, no?" Yo no he dicho eso. Si has actualizado controladores del chipset en ambos sistemas y actualizado la BIOS, sólo me queda recomendarte que trastees ésta a ver cómo está configurado el apagado del equipo. Por otra parte, si usas W98SE, asegúrate de que la configuración del MSCONFIG está correcta en ese aspecto.