Yo también había pensado lo mismo, y hace poco en una party lo vi puesto en dos PC y queda muy bien.
La solución para aprovechar los tubos transparentes de la ferretería y NO sacar los molex y conectores , es cortar los tubos transparentes en forma de espiral, o sea empezar a cortar en diagonal hacia arriba y seguir hasta llegar al borde superior. Luego solo tienes que enrollar esta nueva espiral alrededor de los cables y si quieres que este más sujeto, ponerle una brida o hilo de alambre al principio y al final de la espiral de tubo, teniendo en cuenta que antes de poner las bridas tienes que apretar el tubo lo más posible contra los cables para que tenga el mínimo de ancho posible.
Yo creo que no es conveniente sacar los molex y conectores ya que estos estan puestos de fábrica por una máquina, y creo que están mejor así que como luego lo pongamos nosotros y podemos evitarnos problemas, además del trabajo que supone sacarlos y volverlos a poner.
También he visto otro PC que habían usado una cinta adhesiva metalizada para ocultar los cables y juntarlos todos formando una especie de tubo.