Segun lo probado te digo como lo haria, y como lo tuve con w2000, w98 (xa juegos solamente) y Linux (suse).
La idea s tener una particion de arranke n fat16 con spacio d sobra, sera primaria y activa, de 300 mb d sobra, luego una extendida y alli logicas, w2000 n ntfs, w98 en fat32 y linux a su bola (swap 200mb d sobra, /boot 50mb en reiserfs o ext3 como / con lo k kieras)
instalas w98 y le dices k se dirija a la particion n fat32 y alli pone todo xcepto ls archivos d arrank k van a la pekeña activa.
Luego inicias con l cd del nt y le dices k lo instale n la particion ntfs y pone l arranke el solito n la activa y pone arrank dual con l gestor suyo y alli modificas en c en boot.ini lo k kieras. Despues instalas linux y montas las particiones (ten cuidado con scribir en particiones ntfs) y a continuacion kiza debas arrancar el nt(lease kernel nt [nt, 2000, xp]) y n la consola d recuperacion restauras l arranke automatico o comando bootcfg).
Ahora tienes primero gestor Lilo (mejor k la chorrada d arrankar desde diskete), eligs entre linux o win, y gestor nt y eliges entre 2000 o 98
T aconsejaria k no hicieras ninguna particion en un principio ni con fdisk(dos) ni partition ni ostias y los gestores d arrank dejaria los propios (si kieres otros no seria inconveniente), las particiones con diskpart d nt o fdisk o diskdruid d Linux. a mi entender pues l partition a veces no resulta + k con win9x y l fdisk realmente sta muy limitadito
Esta s la conclusion
El x k d la particion arranke, por limpieza y x seguridad d arranke, siempre la podras leer no como ntfs y para recuperar datos s lo + facil pero claro no tiene la seguridad d ntfs, tu mismo
crea tus imagenes y cuando t pase algo n l arranke solo restauras los arrankes, s decir, lilo y arranke d nt, tn cuidado pues l 98 machaca cada vez l mbr hasta l sp2 dl 200 creo
otra cosa, yo pondria en c (la pekeña) dsde win una mem virtual generosa, a part d la d la particion k kieras
suerte