Bueno, pues viendo el panorama como esta de seguridad y luego recuperabilidad, casi que veo mas interesante usar soft externo a Windows para encriptar esas carpetas o archivos, que luego siempre podremos reinstalar y usarlas sin problemas.
Hace tiempo estuve experimentando con uno que te creaba unidades virtuales, una vez abierta era una unidad y cuando no, era un archivo encriptado. No recuerdo el nombre, pero imagino que todos éstos programillas semejantes se apoyaran básicamente en lo que he comentado.