Es muy raro eso que comentas. Por muy largo que sea el cable, o que no de la calidad necesaria (inferior a CAT 5), la conexión debería seguir siendo a 100 Mbps, aunque se pierdan paquetes esa longitud o poca calidad.
Yo miraría bién la configuración por software de las tarjetas de los equipos que están llendo a 10 y si es necesario quitarle el autonegociado y forzarlas a que siempre vayan a 100, a ver que pasa. Ojo a los switch/hubs que estés usando.
Salu2!.