Has mirado que la controladora SATA de placa esté habilitada? Has tenido en cuenta que el WinXp/2000 piden al empezar la instalación que pulses F6 si quieres instalar una controladora raid de otro fabricante? Si no lo instalas es imposible que Windows te lo reconozca.
Ten en cuenta también que, si has puesto el disco duro como principal para que arranque desde el el sistema, tienes que darle los parámetros en placa, y decirle que el SATA1 es el que tiene el HD 0 para que la placa lo interprete.
Bueno, no se, quizá hayas pasado cualquiera de estas cosas por alto, si no, pues te intentaremos ayudá mas xD
Saludos