Bueno, pues yo te corrijo ;). Los puertos USB si se pueden usar aunque no hayas cargado el SO. Por ejemplo, yo uso teclado USB y puedo entrar en la bios y cambiar cosas.
Para poder arrancar desde un dispositivo USB, este tiene que haber sido formateado de una forma especial, para que los sectores de arranque del sistema estén en las posiciones del dispositivo en las que busca la placa. Como supongo que el CD de windows será una copia bien hecha (no un copia y pega), seguramente el problema sea que el fabricante de tu unidad externa de CD no se ha molestado en implemetar las rutinas de arranque, delegandolas en windows (al igual que pasa con otros tipos de hardaware, como los winmodems o los escaners). Consulta la documentacion de tu unidad, para ver si soporta el arranque, ya que el hecho de que tu placa soporte arranque de USB no supone nada si el dispositivo USB no lo soporta.
Un saludo.
