Normalmente los voltajes varian dependiendo del trabajo en ese momento del micro, de hecho, en idle, o usando el cpucool, que es lo mismo, el micro descansa; si no el micro se encuentra trabajando, ejecutando uno u otro proceso, y en esos casos normalmente la linea de 5V y el Vcore suelen tener variaciones, de todos modos tampoco debes fiarte mucho de lo que te diga la placa, lo mejor esque ese tipo de fluctuaciones las midas con polimetro.
Un saludo:D