Joe tio, ni me acordaba de esta rama.
La verdad es que no se muy bien como se diseña una placa base, te puedo decir como se diseña un pcb que algo tendra de parecido.
En principio se hace un diseño en un simulador tipo Pspice (pero profesional) con todos los elementos que va a tener la placa base y sus conexiones, asi la patilla numero 1 del north ira a la numero 14 del raid, etc. Una vez hecho esto se monta lo que seria el pcb, esto consiste en poner todos los elemento sobre una superficie del tamño de la placa base y respetando las especificaciones ATX si es el caso (buscalas que te pueden servir de ayuda). Una vez que tienes el diseño de la placa debes verificar que todos los pines estan bien conectados (en la fase anterior tambien).
Llegados a este punto se supone que deberia simularse el correcto funcionamiento de la placa desde el software. No se si habra algun software que simule esto, si no es asi pues te lo saltas.
Ahora solo hay que "imprimir" el PCB para despues soldar los elemento que lo forman.
Esto seria un poco tal y como se diseña un PCB, claro que el PCB que se monta uno en caso como mucho tiene 1 capa y 2 caras y los de las placas base hasta 8 por lo que los elementos se sueldan en 3D, esto es, se unen con las pistas de su propia capa por las dos caras y tambien a las cars de las otras capas si es necesario.
Sobre la informacion de los chipsets no se exactamente como de preciso debes ser, entre otras cosas porque es bastante complicado, pero en las paginas de los fabricantes estan las white papers que suelen tener alguna informacion, sobre todo a nivel esquematico.
Otra cosa, en el diseño de la placa lo que hacen normalmente es copiar el diseño que ya les da el fabricante del chipset y añadir alguna cosilla mas.
Deberias hacer un esquema con las partes de una placa base, regulacion de alimentacion, pila, socket, zocalos, controladoras, chipset…. todo lo que se puede ver mas o menos a simple vista.