La principal y a modo rápido es que la memoria RAM de un ordenador es bastante más lenta que las que usan las gráficas en tarjeta. Además, y por razones obvias (calor, tamaño de disipador…) el chip gráfico de las soluciones integradas en placa suele ser de gama baja, lo que unido a lo anterior hacen que por regla general el rendimiento de esas gráficas en juegos 3D sea muy pobre.
Seguro que algún forero lo puede expresar de una forma más técnica y precisa, pero por ahí van los tiros.