Finalmente opté por la reinstalación del XP. Formateo de disco y todo desde el principio para que no haya dudas. Programas instalados, los mismos que instalé con el 2000. Corro el 3dmark2001se y… ¡¡17562 puntazos!! A mi equipo le sienta mejor el XP que el 2000. Y no, no tengo nada raro instalado. En cuanto a la versión de DirectX, instalé en ambos casos la que ofrecen en FarCry, es decir, 9.0b. Y en cuanto a la otra sugerencia que me hacéis (abuelo), no creo que por 2 programas (normalitos) residentes en memoria sean capaces de "cepillarse" 2500 puntos del 3dmark.
En fin, que ahí queda eso. Si a alguien se le ocurre alguna otra cosa, bienvenido sea, y si no, espero que esto le sirva a alguien también.
Gracias a todos.