Vamos a ver si te respondo a lo q preguntabas ;D
Los SO necesitan un programa de arranq, q se instala en el sector de arranq del disco duro; normalmente 1º se instala Windows (y este instala su programa de arranq) y luego Linux (q machaca el arranq de windows y pone el suyo propio), pues Linux reconoce la instalacion de Windows y realiza las modificaciones necesarias para poder arrancar Linux y Windows; esto se debe gracias a los denominados gestores de arranq (lilo, grub… ) q crean un menu desde el cual se añaden las entradas de los modos de arranq del PC, por ejemplo: Windows, Linux, Linux safemode, disquetera.....
Pero ya q tienes 2 discos duros, en el q instales Windows, le dejas en cargador de Windows, y en el otro instalas el cargador de Linux, asi, con el cargador de Windows arrancaras Windows (solo) y con el cargador Linux arrancaras tantos SO como configures en el gestor de arranq. Puede parecer lioso pero las distribuciones mas comunes (yo probe Mandrake y SuSE) vienen muy sencillas de instalar.
Solo un par de cosas mas, no uses particiones extendidas (particiones logicas), solo particiones primarias, con Linux las logicas no sirven para realizar en ellas la instalacion, y WXP puede instalarse en una particion logica, pero necesita una particion primaria para instalar unos archivos de apoyo.
Por si no lo sabias, Linux nombra la los discos duros y demas dispositivos, de una forma "propia", asi, por ejemplo, el disco duro primario maestro seria hda, las particiones primarias las llamaria hda1, hasta hda4 (solo pueden crearse hasta 4 particiones primarias por disco) y si creas particiones extendidas, las unidades logicas las llamara hda5 en adelante. El siguiente disco duro (mirando el orden de los canales IDE) seria hdb, nombrando las particiones de manera similar q el anterior: primarias seran hdb1... hdb4 y logicas hdb5 en adelante (en una particion extendida puedes poner tantas unidades logicas como quieras).
Si te perdiste por algun sitio pregunta :rolleyes: