Bueno, solo decir que he eliminado el definitivamente troyano (que afectaba basicamente al navegador IE) y sigo teniendo los mismos problemas, de modo que eso no era.
eso tiene toda la pinta de ser algun programa en segundo plano,prueba a desactivar antivirus,etc.
¿estas haciendo oc al procesador?si es asi prueba a velocidad por defecto.