Pues seguramente no sera esto pero…..
¿No sera que tienes esas ventanas como semi-transparentes?
A partir de windows 2000 el sistema operativo ofrece la posibilidad a los programadores de hacer que las ventanas de los programas tengan una opacidad a escoger por el usuario.
Yo por ejemplo en el dumeter tengo una opacidad del 30 por ciento para poder ver siempre el medidor y que no me moleste en demasia al trabajar con otros programas.
Si es ese el motivo de tu problema deberias investigar en las opciones de configuracion del programa para encontrar donde configurar este parametro.
Un saludo.
omortsoN & Co.