Únicamente me ocurre lo dice Krampak cuando estoy jugando al Battlefield 3 (a pantalla completa en un monitor), y hago clic en algún programa del otro monitor, el Battlefield se pone en modo ventana.
A mi en ese caso, si estoy jugando a modo completo (en el principal) no puedo acceder al secundario a menos que minimice o lo ponga en ventana.