En algunas Bios(en todas) le tienes q decir desde donde tiene q hacer el Boot bien del Floppy, dvd, Hdd en algunas tambien tienes la posibilidad de los SCSi o del Raid incluso desde unidades USb creo q tambien(Pendrive de estos de ahora) ya q tal vez te este arrancando desde el otro IDE, aunque creo recortadar q ami me paso algo parecido con una disketera y es q estaba petada prueba haber si es eso.
salu2