Puedes alargar los cables utilizando un cable que, como minimo, se igual de gordo que el original (el metal interior, no el plastico).

El unico problema de alargarlo es el sensor de vueltas, pues a partir de los 30cm de cable se vuelven un poco locos los sensores.
Por ello te recomiendo que solo prolongues los cables rojo y negro del ventilador, y el amarillo, cuanto mas corto mejor.

El conector molex (tanto pequeño como grande) lo encontraras en las tiendas de electronica sin problemas. Te lo venderan por separado,por un lado el plastico y por otro las conexiones metalicas.
Un saludo.