Si el ventilador no funcionase te enterarías, seguro. Es posible que sea cosa de suciedad, pero tampoco lo tendría tan claro si exclusivamente se calienta con la carga de la batería, pudiera ser que esta estuviera algo viciada y se calentase más de lo debido o incluso que esté defectuosa.
Si está en garantía aun no dudes en llevarlo a que le hagan una revisión.