Desconecta completamente de la fuente, acto seguido pulsa repetidamente el boton de arranque (para descargar), y resetea la bios o dejala sin pila unos minutos bien largos.
Prueba con eso a ver si cambia algun detalle del funcionamiento.
Alguna pequeña diferencia deve de haber entre las pruebas fallidas y las exitosas ademas del cambio de fuente, parece ser que la fuente sospechosa pasa a funcionar bien cuando esta fuera de la caja ¿podria ser?.
Tambien es bastante posible que sin darte cuenta hayas creado algun cortocircuito en un punto cualquiera de la placa base (tanto por la cara delantera como por la trasera), asi que todas las pruebas que hagas con tu hardware hazlas en igualdad de condiciones, y revisa con lupa el montaje del disipador, si necesario vuelve a montarlo lentamente.
Salu2.
PD: Tambien se me ocurre que el conector ATX 12v haga mal contacto por lo que dices de que sin el arranca, ¿usas alguna prolongacion para ese conector?
¿Y que ventilador has cambiado?