hola!
gracias por la respuesta, aunque decidí meter un cron para lanzarlo cada hora. No es el método más elegante, pero sí el más práctico, ya que aunque cada hora se lance el ejecutable, no permite ser lanzado dos veces en el mismo directorio. Así que se ejecuta, comprueba que está en marcha y para, o bien que acaba de "colgarse" y lo lanza de nuevo. Al ser cron con nice 19, el resto no es más que un link blando al ejecutable, y un ./setiathome -proxy x.x.x.x:xx.
El proxy es mío, lo lanzo desde la LAN corporativa que administro.
de todas formas, gracias y saludos!! a ver si a alguien más le vale de algo.