Pues es de lo mas extraño.
Un fallo de compatibilidad, como te he comentado, haria que el equipo no arrancara o se viese defectuoso, pero no que se viera con unas aplicaciones si y con otras no.
Precisamente que funcione con unos juegos si y con otros no me hace pensar que sea un problema de software, posiblemente conflicto entre drivers. Lo que desde luego no es es un problema de compatibilidad.
Si puede ser que la tarejta este defectuosa, aunque me parece muy extraño porque se trataria de un problema tan especifico que solo afectaria a algunos juegos.
Como por lo que comentas tanto la placa como la tarjeta por separado funcionan vuelvo a sospechar de software.
En mi opinion deberias formatear e instalar el SO con el SP y actualizarlo al maximo, meter los ultimos drivers de la placa (hyperion) y los de la grafica y justo despues meter un juego de los que no va pero si te arrancan y ver que tal.
Si te has documentado de que realmente hay problemas con tu modelo exacto de placa y de tarjeta no le des mas vuelta y cambialas.
P.D.: ¿Tienes la ultima bios?.