Si no quieres volver a instalarlo todo sigue estos pasos:
1 copia la instalacion de win98 al hd viejo,
2 clona el disco viejo al nuevo,
3 pon el hd nuevo(ya clonado) en el ord nuevo,
4 arranca "a prueba de fallos" y quita todos los dispositivos de sistema,
5 reinicia y arranca en "solo simbolo de sistema",
6 ejecuta la instalacion de win98 instalandolo en la misma carpeta que lo tienes ahora.
si lo haces bien (ojo con la carpeta donde se va a instalar, por defecto me ha salido muchas veces como c:\windows.000), la instalacion te detectara todas las piezas nuevas sin que quede "basura" de los componentes viejos y no tendras que volver a instalar todos los programas
Saludos