Depende de para que vayas a usar el ordenador, y de cuanto dinero dispongas.
La diferencia entre el e4300 y el e6600 es que el segundo tiene 4mb de cache frente a los 2mb de cache del otro. Supone una gran diferencia?? para mi no, pues de media se obtiene un 5% mas de rendimiento, y en aplicaciones muuy especificas casi un 10%, y en otras no ofrece ninguna ventaja.
Teniendo en cuenta que los precios son 110e vs 210 aproximadamente, invertiria esos 100 en una grafica mejor, en mas capacidad de disco duro, en mejor refrigeracion para subir mas el micro y alcanzar su rendimiento, etc.
La otra diferencia que se me olvidaba comentar es que todos los core 2 duo e6x00 soportan la "tecnologia de virtualizacion", que permite que la ejecucion de maquinas virtuales en el equipo vayan mejor. Si no vas a emular otros sistemas operativos no vale la pena, y aun asi puedes emularlos con el e4300 asi que solo notarias una (yo creo) leve mejoria.