Hola,
los permisos NTFS se refieren a los usuarios (locales y remotos) que tienen permisos para acceder a los archivos y directorios (ya sean de lectura, escritura, etc.)
los permisos de carpetas compartidas son para dar permisos a los usuarios a acceder a los recursos compartidos de tu equipo en la red de windows.
Yo puedo dejar al usuario "Pepito" permisos de escritura en C:\temp pero no por ello tengo que compartir la carpeta por la red.
Lo que sí que debe cumplirse es que si a Pepito le dan permiso para acceder a la carpeta compartida \server1\c\pepito (en los permisos de carpetas compartidas) y sin embargo en la máquina "server1" en los permisos de NTFS no tiene permisos para acceder a c:\pepito pues no funcionará la compartición de la carpeta.
Salu2!