Lo mejor antes de tocar nada: copia de seguridad.
Luego, no se que problemas tiene windows con las particiones de 130Gb. Yo tengo un HD externo USB de 160GB y los reconoce todos completamente.
Si formateas una particion, la otra no debe perder los datos, pero asegurate muy muy bien que vas a formatear la partición correcta.
FIjate en las etiquetas, ya que las letras de las unidades a veces cambian a la hora de verlas desde fuera de windows. Ponle a C etiqueta de SISTEMA y a D etiqueta de DATOS (por ejemplo). De este modo yo siempre estoy seguro que formateo la partición correcta.