a ver, lo que puede haber pasado es:
a) le has metido una bios de una targeta PCI-E a tu targeta que es AGP
b) has descargado una bios corrupta o se ha grabado incorrectamente (p.ejemplo fallo de disquete, bios no completa…)
c) le has metido una bios de un modelo superior que tu targeta no soportaba, ya sea porque p.ejemplo, la frequencia de gpu o memoria sea demasiado alta a la que realmente soporta tu targeta.
La manera de reacerlo seria bajando la bios original de tu targeta, busca en http://www.techpowerup.com/bios/
arrancando con la targeta pci y con la agp conectada, y el monitor conectado en la pci, prueba igualmente a flashear utilizando la nueva bios, el programa deberia acceder igualmente a la targeta agp aunque tengas conectada la pci y trabajes con esta.
Luego reinicia, entra en bios, canvia la agp a primaria, graba, apaga, quita la pci, y vuelve a reiniciar.. y cruza los dedos.