El ventilador que te cambiaron era el del chipset: el Nforce4. Por lo que cuentas, debido a un posible calentamiento, es posible que esa placa esté "tocada". Deberías decirles que te la cambien en cuanto regresen de vacaciones.
Esas placas han dado problemas con el dichoso ventilador: ruidos, giros lentos, … Asus ha corregido el problema y en las siguientes unidades que ha fabricado ha cambiado el sistema de disipación.
Me llama la atención que para ese equipo y más haciendo OC no te hayas comprado una solución más potente. Por ejemplo, hay otras opciones, un Thermalright XP-120 con ventilador Papst de 12 cm. Hoy en día junto a su "hermano" XP-90C son de lo mejor que hay en el mercado.
Respecto a lo que planteas en último lugar, decirte que con arquitecturas bien distintas no valen las comparaciones de megahertzios. Un simple Athlon 64 3000+ Venice a 1.8 Ghz supera en diversas pruebas a un Athlon XP 3200+ Barton a 2.2 Ghz. En operaciones complejas matemáticas por mucho.
Como si no, un Athlon 3200+ a 2.0 Ghz en muchas pruebas es superior a un PIV a 3.0 Ghz. ¡Hay un giga de diferencia!
Razones hay varias pero puede resumirse en que a una velocidad dada, uno es capaz de realizar muchas más tareas que el otro. Un ejemplo: una bicicleta con ruedas enormes y otras pequeñas. Cada giro de las grandes recorrerá más distancia que cada giro de las pequeñas por lo que éstas deberán girar más rápido para compensar.
Si quieres comparar procesadores, aquí tienes una interesante página basado en pruebas de la conocida web "Tom's Hardware". Tiene demasiadas pruebas sintéticas para mi gusto pero menos es nada. Tienen mucha mayor relevancia las pruebas de aplicaciones reales como juegos, 3D Studio Max y demás:
http://www.hardfeed.com/srv/ramp/review/1394.html