SuLo, yo tengo ATI instalada y configurada con aceleración 3d en linux y no he tenido ningún problema. La diferencia entre los tipos de drivers oficiales para linux que encuentras en la página ofical de ati , son las diferentes versiones de XFree; también puedes usar los drivers hechos por los desarrolladores de Xfree la diferencia entre ambos es que los oficiales parece que dan mejor rendimiento.
Los paquetes rpm son ejecutables, pero no exactamente como los exe de win; los paquetes rpm pertenecen a distribuciones compatibles con Red Hat , ya que creo que fuen la pionera de ese tipo de paquetes, aunque también pueden instalarse en otras distros como Debian o Gentoo.
Salu2!