En efecto es una reflexión válida; basicamente hay una razón por la que opté por FAT32 para el caso en particular por el cual pregunto:
El dueño del equipo es una de esas personas que no entiende (y creo que no quiere entender) acerca de seguridad informática básica, y cada nada se la pasa con el computador infectado:nono: Puede que en teoría una partición NTFS sea mas segura, pero lo que si es seguro, es que una FAT32 es mas reparable (que es la parte que a mi me toca).
Median otros motivos pero el comentado es sin duda el principal.
Habría que decirle al dueño del ordenador que en el caso de un apagado inesperado FAT32 tiene muchas mas posibilidades de corromperse (y por lo tanto de perder datos), ya que no soporta Journaling, cosa que NTFS y cualquier sistema de archivos moderno si hace.