Habría dos formas de solucionarlo, la mas rápida, aunque no las mas elegante sería te descargues la aplicación "GAG" (gestor de arranque gráfico), con el sales del paso y si te gusta puedes continuar con él.
Una vez me encontré en una situacón similar cuando reestablecí una imágen de la partición en donde tengo el W98se, el problema fué que dicha imágen la creé antes de instalar el Xp, por lo que el Xp no arrancaba, lo que hice fué crear una imágen de la partición del Xp , luego formateé dicha partición y volví a instalar el Xp, pero solo lo básico, nada de drivers ni actualuzaciones, esto para que el instalador del Xp me cree los archivos necesarios de booteo en la partición del W98se, finalizado este proceso, reinstalé la imágen del Xp y todo quedó perfecto, creo que este procedimiento se puede aplicar para tu caso que tienes w2000.