Bueno, tras mucho mirar y romperme la cabeza, he conseguido arreglarlo.
No tiene una solución directa, ya que parece ser un fallo de los drivers de nvdia desde hace unas cuantas versiones.
Por si a alguien le interesa, la forma de arreglarlo es la siguiente:
Vais a la configuración de los filtros ffdshow.
Activais la opción "Resize & aspect".
Ahí seleccionáis "Specify horizontal & vertical size"
Un poco más abajo (donde dice "New size") introducís 1024 y 768 (u otra resolución en formato 4:3)
Más abajo, desactiváis la opción "Process pixel aspect ratio internally" (No sé muy bien qué hace, pero yo tuve que quitarla)
Más abajo, seleccionáis "Keep original aspect ratio"
Y ya está. Con esto lo que hacéis es decirle al reproductor que mantenga la relación de aspecto original, pero que meta unas bandas negras por arriba y por abajo para que quede en 4:3. De esta forma no se deforma en el tv.
