No te puedo asegurar que no haya "absolutamente ninguna" diferencia de ruido pero si que yo no lo he notado. En la lianli que está la bomba de lado, si tumbo la caja para trabajar en ella ya se queda la bomba en posición normal, y no noto la diferencia de ruido. El funcionamiento de la eheim es por fuerza centrifuga, igual que los blower que se colocan en las ranuras pci. Lo que dices del aire si tiene logica, de hecho para purgar el aire del circuito la forma mas rapida en mi caso es tumbar la caja, para que la bomba quede en posición normal y despues de un par de minutos para quitar todo el aire va como la seda. Otra de las cosas que he leido por ahí es que es mas facil de purgar si el deposito es el elemento mas alto del circuito.
Tambien es posible que tengas una pequeña holgura en el eje de la bomba que haga que vibre en algunas posiciones… no se...
Saludos