Hola.
Edita el archivo boot.ini que esta situado en el directorio raiz de c.
Por lo que cuentas tu archivo deberia mostrar esto.
[boot loader]
timeout=30
default=multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINNT
[operating systems]
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINNT="Microsoft Windows XP Professional" /fastdetect
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\Windows="Microsoft Windows XP Professional" /fastdetect
–-------------------------------------------------
Cada una de la líneas de la sección [Operating Systems] muestra la informacion acerca del disco particion unidad y carpeta en la que esta instalado. Elimina la linea de la carpeta que hayas quitado y prueba a reiniciar de nuevo. Nunca esta de mas hacer una copia de seguridad del archivo por si acaso:D
Espero que te sea de ayuda.
Un saludo