La diferencia no tienes que buscarla entre pci y pci-e sino entre agp y pci-e.
El puerto pci, nunca tendrá nada que ver con el pci-e, ya que el pci sirve para conectar de todo(soundcard, capturadora de tv, modem interno, controladora ide, usb,etc). Sin embargo el pci-e es igual que el agp un puerto exclusivo para la tarjeta gráfica y la diferencia entre estos es que el agp va a 8x y el pci-e a 16x. Yo pienso que es una tontería jubilar al puerto agp, porque cuando las agp iban a 4x el rendimiento solo era un 2 ó 3% inferior a las 8x, y de 8x a 16x pues sucederá exactamente lo mismo. Además todavía mucha gente se compra el ordenador con una placa para agp, por lo que a buen seguro, el puerto agp tiene aún 1 ó 2 años de vida.
Espero que te sirva.