Yo no creo que influya demasiado si tienes la caja medianamente bien ventilada. Mas aun si tienes el radiador arriba, el aire caliente no va a bajar a dar por culo a sus vecinos el procesador y compañia, simplemente asegurate de que sacas buen aire de ese radiador para fuera de la caja.
En la RL que tengo yo planeada el radiador esta abajo a la derecha, lo que seria debajo de la disquetera (aunque por razones de modding la disquetera pasara a estar debajo del bicho xD). Seria un HT con 4 ventiladores, 2 que le meten aire por un lado y 2 que se lo sacan por el otro, va de lado a lado de la caja, y con el par de "shrouds" (no se como decirlo en español) no creo que el interior de la caja se viese demasiado afectado, aun asi esta va a tener buen airflow.
Creeis que a mi me afectaria tambien eso en mi situacion, con el radiador donde esta? no fastidiaria mas una bomba dentro de la caja?