yo necesité hacer algo parecido con un soft q estoy haciendo para una empresa, tenian una base de datos en acces y tenia q pasarla a mysql,
en primer lugar, te recomiendo q te bajes una utilidad gratuita para bases de datos en mysql, se llama
MySql Front
es un interface gráfico para mysql q te permite hacer casi todo
lo unico q le hecho en falta es q no tiene interface para crear consultas, al estilo access o sql server, vamos, q hay q hacer los inner join a pelo.
luego necesitas el driver odbc para mysql, en la propia web te lo puedes bajar
ahora, para exportar los datos, puedes hacerlo de dos modos.
o desde access, exportando a odbc, y ahí estaria la nueva base de datos en mysql
o desde mysql front importando desde odbc
luego la herramienta mas completa q he visto para mysql en web es el phpmyadmin
debes tener cuidado protegiendo los directorios bajo contraseña, pq con esa herramienta puedes hacer hasta drop database sin ningun pudor X)
espero q te sirva de ayuda