Yo tengo una KT7RAID que uso igual que tu, como controladora adicional, y con Mandrake 8.1 no tengo ningun problema con el LILO. Yo instalo el LILO en la particion de arranque (/boot), en mi caso, hda5. En una ocasión me pasó lo que a tí, pero todavía no se porque, y la solucion fue que instalé el Boot Magic 7.
Si funciona, no lo toques. 😄