Bueno, pues definitivamente algo ha cambiado en la última semana. Uno de los afectados había subido en el pasado videos que han tardado en torno a media hora en transferirse. Mirando los logs de APT (algo que tenía que haber hecho antes para dejar de sospechar de Apache) veo que el domingo pasado actualicé NodeJS, así que parece el candidato perfecto de haberla liado parda.
Para solucionarlo, al final he instalado Nginx, así que a partir de ahora, todas las páginas de Hardlimit pasan por ese servidor web. Con esto, se ha solucionado el problema.
La razón por la que creo que se soluciona es que cuando se usaba Apache, al subir un video, este se iba copiando conforme se iba recibiendo a la carpeta temporal de Peertube. Con Nginx, el archivo primero se mete en un buffer del servidor y cuando ha terminado de recibirse, se transfiere a la carpeta temporal de Peertube. Por eso, con Nginx no da timeouts; porque el tiempo de transferencia interno es mucho menor que el externo.
Así que con todo esto, estoy un 99% seguro de que ha sido la maldita actualización de NodeJS, donde por alguna razón, han introducido a pelo un timeout de 60 segundos para las conexiones. Y esto en realidad es un fallo, porque además de fastidiarnos a los díscolos que habíamos preferido evitar Nginx hasta ahora, la velocidad interna es también limitada y al final, el tamaño máximo del archivo será el que de tiempo a transferir en esos 60 segundos.