No entiendo por que quieres poner tu carpeta "Mis Documentos" en la unidad con los archivos temporales (en todo caso lo normal es ponerla en una unidad distinta a la del sistema operativo, por si hay que formatear no pereder nada si no sabes como recuperarlo, pero en una particion con datos, no la de temporales). En cualquier caso, has relizado los pasos correctos. Cuando mueves la carpeta "Mis Documentos" se mueve todo lo que cuelga de ella PARA ESE USUARIO, es decir, sus carpetas de Mis Imagenes, Mis Archivos Recibidos, etc… Un saludo.

Con la consola de recuperación ni instalas ni quitas nada. Simplemente, instala el windows encima del otro y conservarás configuraciones, programas y datos(y basura, virus, etc… si los tuvieras) y se repararán los archivos del sistema que tuvieses cascados. Yo de ti hacía lo que te comentan, saca los datos y formatea esa partición desde la instalación de tu windows.