Hola… ¿no tendrás una placa gigabyte?...
No sé si podrá ayudarte, pero te cuento que me ocurrió algo parecido. Quizá te aclare algo...
Por navidades instalé un segundo disco duro de 80Gb, un Maxtor. Todo iba perfectamente, le hice dos particiones y las formateé con el Partition Magic8.0 en NTFS, sin problemas.
Naturalmente lo puse como "master" en IDE 1 para instalar en Windows XP Profesional, dejando el Seagate de 80Gb como esclavo, y todo como la seda.
Unos días más tarde tuve problemas con un virus, el w32/no se cuantos, que me infectó las cuatro particiones.
Como tengo copias de seguridad mas o menos actualizadas, pues nada, formateo y tente tieso.
Estaba trasteando con la bios para hacer Overclock y también tuve problemas con el arranque de windows
el archivo "ntldr". Pués hice nuevas copias de seguridad, incluso con la bios.
Al cabo de unos días, reinstalo el Partition Magic para redimensionar las particiones y mi sorpresa fué ver que no me dejaba tocar el Maxtor (master IDE 1), aparecía en amarillo y ponía algo así como: "bad partition". También otro trozo en gris, más pequeño, que no ponía nada.
La cosa es que windows xp iba perfectamente y reconocía las dos particiones con su administrador de discos.
Pero noté a faltar algo: 3Gb! de disco que no aparecían por ninguna parte. Al instalar el Maxtor, en bios marcaba como 81 Gb y ahora me daba 78Gb!. Ya se sabe que los discos no tienen todos los "gigas" que se anuncian, pero que "desaparezcan", ya es raro.
Inicio con el cd de arranque y partition magic en modo dos; el mismo resultado. "bad partition" y no se deja tocar. Ni siquiera con el fdisk, que no respeta nada, podia reconocer el misterio. Ya estaba a punto de devolver el Maxtor a la tienda y que me lo cambiaran por otro Seagate.
Pero, foreando y foreando sin resultado, recordé que la placa junto con la bios, tiene una utilidad que llama "Xpress Recovery", que yo pensaba que era para hacer copia de seguridad de la bios y resultó ser para copiar toda una partición con SO. (ver manual de placa, justo al final, o sea, lo que nunca se lee hasta que empiezas a tener problemas. Bueno también porque está en inglés... 
Puede que donde te montaron el equipo hicieran una copia de la partición con esta utilidad, o alguna parecida, para que, en caso de desastre, no tener que reinstalarte todo. No te advirtieron y después "milagrosamente te arreglan un problema, quedando "como reyes"... Es una posibilidad.
Cuando arranco el PC y en la pantalla de inicio me dice que pulse "supr" para entrar en bios, en vez de "supr" aprieto "F9" (en mi placa Gigabyte GA-IPE1000), aparece el Xpress Recovery con varias opciones: Backup, Restore, Remove, y otra más que no recuerdo. El caso es que pulsé "remove" y se pega un buen rato trasteando el disco duro.
Cuando termina, reinicio con partition magic en DOS y ¡tachannnnnnnnnn! de nuevo estaban mis 3 Gb reaparecidos! (En la bios estaban otra vez los 81Gb)
Volví a partiticionar, redimiensionar, trastear, etc. con todo el disco sin problemas. (desde DOs y tambien desde Windows)
No sé si es tu caso, aunque se parece bastante, igual te da una idea y solucionas el problema...
ANTES de hacer nada, leete el manual de la placa y también mira por la web, que puede que vayan por ahí los tiros...
Al parecer, el Xpress Recovery de marras es para que, cuando hayas instalado el sistema operativo y configurado con drivers todo lo necesario, hagas un Backup desde la placa y tener una copia de seguridad "blindada" para salir del apuro en caso de problemas. Algo así como el norton ghost. Pero desde la placa.
Saludos...
3R System AIR Black / Levicom 550XPE-P / Gigabyte GA-IPE1000 / P4cHT800 x 2600@3000Mhz / 2x512Mb Kingston VR DDR400 / Club3d Radeon 9700@pro 277-540@324-580 / Sound Blaster Live! / (Maxtor+Seagate) 80+80Gb ATA133/100 7200rpm / DVD-CDRW LG combo 16x/52x + Pioneer DVR-106D dual.
