Si, pones en el panel de control que sea la aplicación la que decida que grado de AA y de AF aplique, y dentro de la aplicación juegas con los parámetros. Este problema va a ir a más, debido a que la técnica render to texture se está utilizando en muchos juegos, por lo que cada vez más juegos incluyen controles de AA y AF en sus menús. Sobre lo que le pasa al NFSU2, hay casos peores. El Splinter Cell no permite aplicar el AA en ningún caso (el problema creo que está en los shaders que se aplican para las vistas infrarroja y el intensificador de luz, shaders que se aplican a toda la imagen, siendo éstos, no se el motivo por qué, los que suelen dar este tipo de problemas. Lo mismo pasaba en el NFSU con el desenfoque de la iluminación, no me acuerdo como se llamaba, que desactivaba el AA, o en el World of Warcraft con el efecto bloom. Todos estos son shaders aplicados a toda la pantalla), ya que el panel de control no activa el AA en este juego (ATI lo tiene desactivado porque produce fallos gráficos bastante graves) y en el menú del juego no se tiene la opción. Esto mismo le pasa al Prince of Persia Las arenas del tiempo, y es posible que en el futuro pase a muchos más juegos, por lo que no me extrañaría que ATI implementase el Supersampling, pero que solo se pudiera aplicar en este tipo de juegos que da error (el Catalyst AI permitiría controlar este tipo de cosas)
Si quieres que te explique un poco más algo en concreto, dilo y lo haré lo mejor que pueda. Un saludo.