Sobre el q6600 yo me aseguraria que fuera la revision G0, obtendras un menor consumo y una temperatura mas baja que si fuera un B3. Aun asi los q6600 se calientas bastante, igual te interesaria ponerle otro disipador aunque para eso siempre hay tiempo y puedes esperar a ver si estas contento con la temperatura que te de el de serie.
Yo personalmente pondria antes dos discos duros de 250 antes que uno de 500, al fin y al cabo un disco tan grande vas a terminar particionandolo, ademas con dos discos iguales te queda la opcion de montar un RAID y ganar algo de rendimiento.
Saludos